En 1924, Nabiha Nasir (1891-1951) fondait une école offrant un enseignement aux enfants de Birzeit et des villages environnants. En 1953, le Collège de Birzeit commençait à dispenser des cours au niveau de la première année universitaire dans les domaines des Arts et des Sciences. En 1961, l'établissement offrait un enseignement au niveau de la deuxième année et un an plus tard, des diplômes sanctionnant les deux années d'études étaient attribués, permettant aux étudiants de poursuivre leurs études dans d'autres universités du monde arabe et d'ailleurs.
En 1967, Israël occupait la Cisjordanie et la bande de Gaza, conduisant aux premières restrictions en matière de déplacement à l'étranger des Palestiniens des Territoires. Cette année-là, les cours du niveau secondaires étaient supprimés et le collège se concentrait sur l'enseignement universitaire. En 1972, l'établissement inaugurait un programme conduisant à une licence dans les domaines des Arts et des Sciences. Alors que le collège se muait en université, ses fondateurs créaient en 1973 un Comité d'Honneur autonome assumant la pleine responsabilité de l'institution.
En 1975, le nom de "Université de Birzeit" était officiellement adopté et en 1976, elle était reçue au sein de l'Association des Universités Arabes. Elle tenait la même année sa première cérémonie de promotions et l'Association Internationale des Universités l'accueillait l'année suivante en son sein. 1978 a été marqué par la création de la Faculté de Commerce et d'Economie, rejointe en 1979 par la Faculté d'Ingénierie, offrant à l'institution les quatre facultés qu'elle compte encore aujourd'hui.
Alors que l'Université arrivait au terme de son développement, Israël imposait par ordre militaire la fermeture du campus pour une durée de deux semaines en décembre 1973. Il s'agissait là de la première d'une longue série de mesures répressives contre la communauté universitaire. Moins d'une année plus tard, Israël expulsait son Recteur, le Dr. Hanna Nasir, qui demeura en exil durant 19 ans.
La deuxième fermeture de l'Université eut lieu en 1979 et dura une semaine. Durant la décennie 1982-1992, elle connut cette situation durant 60% du temps. La 15ème et plus récente d'entre ces fermetures dura 51 mois, du 10 janvier 1988 au 29 avril 1992. Durant cette période, l'institution continua d'opérer de manière clandestine avec de petits groupes d'étude. Malgré les efforts des étudiants et du corps enseignant, les niveaux d'exigences ont naturellement souffert durant cette période étant donné l'accès limité à des services tels que librairie et laboratoires. De nombreux étudiants ont ainsi dû consacrer dix années à l'accomplissement d'un cursus de quatre ans.
Aujourd'hui, bien que les violations des droits de l'homme et des libertés académiques se poursuivent dans l'ère post-Oslo, l'Université est ouverte et fonctionne bien, s'épanouissant dans les départements et les programmes existants et se développant dans des directions nouvelles afin de répondre aux besoins de l'Etat palestinien en devenir.